Awal berdirinya Fakultas Teknik Universitas Negeri Yogyakarta, dimulai dengan dibukanya program Kursus B I/B II pada tahun 1956, yang bertujuan untuk mempertinggi mutu pengajaran dan meningkatkan tenaga pengajar pada sekolah-sekolah teknik seluruh Indonesia oleh Kementerian PD dan K, antara lain ada di Bandung, Semarang dan Surabaya.

Pada tahun 1956 kursus BI/BII Teknik dibuka di Yogyakarta dengan jurusan: (1) Mesin; dan (2) Bangunan. Selanjutnya dengan surat keputusan Menteri PD dan K No. 82600/S tanggal 31 Agustus 1957, terhitung mulai 1 September 1957 dibuka satu jurusan lagi yaitu Jurusan Konstruksi Jembatan. Sehingga pada tahun ajaran 1957/1958 Kursus BI/BII Teknik mempunyai tiga jurusan yaitu: (1) Jurusan Mesin; (2) Jurusan Bangunan; dan (3) Jurusan Konstruksi Jembatan. Karena jurusan Konstruksi Jembatan kurang peminat, maka pada tahun 1962/1963 kurusus BI/BII teknik jurusannya diubah menjadi : (1) Jurusan Mesin; (2) Jurusan Bangunan Gedung; dan (3) Jurusan Sipil.
Pada tahun 1961 terjadi perubahan yang sangat mendasar bagi lembaga kursus BI/BII dilakukan oleh Menteri  PD dan K dengan surat keputusan No. 7/1981 tertanggal 7 Februari 1961 Kursus BI/BII Teknik berubah menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Bagian Teknik (FKIP Bagian Teknik) yang merupakan bagian dari Universitas Gajah Mada.
Pada Tahun 1963 dengan surat keputusan Menteri PTIP No.55 Tahun 1963, tertanggal 22 Mei 1963 menetapkan berdirinya IKIP Jakarta, IKIP Bandung, IKIP Yogyakarta dan IKIP Malang sejak 1 Mei 1963, dengan fakultas-fakultas sebagai berikut:

1. Fakultas Ilmu Pendidikan;
2. Fakultas Keguruan Ilmu Sosial;
3. Fakultas Keguruan Sastra Seni;
4. Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta; dan
5. Fakultas Keguruan Teknik.

Pada tahun ajaran 1965/1966 Fakultas Keguruan Teknik sesuai dengan kebutuhan guru teknik listrik, maka jurusan ditambah menjadi : (1) Jurusan Teknik Mesin; (2) Jurusan Teknik Listrik; (3) Jurusan Teknik Gedung; dan (4) Jurusan Teknik Sipil.
Sejalan semakin meningkatnya kebutuhan tenaga guru untuk STM dan kebutuhan tenaga instruktur di Balai Latihan Pendidikan Teknik (BLPT), maka pemerintah dengan bantuan dana dari Proyek Bank Dunia IV, yang dimulai pada tahun 1976, memberikan bantuan kepada FKT IKIP Yogyakarta dan FKT IKIP Padang berupa sarana dan prasarna yang cukup memadai, yakni dengan dibangunnya kampus FKT Yogyakarta yang baru dengan lokasi di sebelah utara Gedung Pusat IKIP Yogyakarta.

Bantuan yang diberikan melalui Proyek Bank Dunia ke IV setidaknya ada 4 aspek yaitu: (1) pembangunan gedung baru lengkap dengan pengadaan peralatannya yang meliputi ruang kuliah, laboratorium dan bengkel; (2) peningkatan kompetensi dosen-dosen melalui pelatihan-pelatihan didalam dan luar negeri; (3) dana pengembangan/pelaksanaan program; dan (4) bantuan konsultan  pendidikan.(expert dari luar negeri).
Program utama dari bantuan Bank Dunia ke IV untuk FKT IKP Yogyakarta dan Padang adalah dalam rangka menyiapkan guru-guru yang trampil dalam mengajar praktek di laboratorium dan bengkel untuk STM. Sehingga kurikulum harus disesuaikan atau berorientasi dengan kurikulum STM. Dengan program baru tersebut maka jurusan yang ada pada FKT IKIP Yogakarta adalah sebagai berikut:

1. Jurusan Pendidikan Teknik Elektro;
2. Jurusan Pendidikan Teknik Elektronika;
3. Jurusan Pendidikan Teknik Mesin;
4. Jurusan Pendidikan Teknik Otomotip; dan
5. Jurusan Pendidikan Teknik Bangunan.

Pelaksanaan program baru ini mulai dilaksanakan pada tahun akademik 1979/1980. Sedang secara resmi gedung baru  FKT IKIP Yogyakarta dan Padang diresmikan oleh Presiden Soeharto  pada tanggal 14 Oktober 1981 di Yogyakarta.Bantuan Bank Dunia IV yang berupa proyek secara resmi berakhir pada tanggal 31 Desember 1980. Dan produk (lulusan) yang pertama adalah pada akhir tahun akademik 1982/1983. Untuk keperluan tersebut sejak awal tahun 1981 sampai akhir 1983 FKT IKIP Yogyakarta dan Padang memperoleh bantuan dari UNDP yang berupa hibah (grant). Bantuan UNDP ini akhirnya dapat diperpanjang sampai akhir 1984.
Berdasar atas Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No.0141/O/1983 tanggal 5 Maret 1983, serta No.0554/O/1983, nama FKT diganti menjadi FPTK (Fakultas Pendidikan Teknologi dan Kejuruan). Bersamaan dengan itu juga Jurusan Pendidikan Kesejahteraan Keluarga (PKK) yang sebelumnya berada dibawah Fakultas Ilmu Pendidikan, berintegrasi di bawah Fakultas Pendidikan Teknologi dan Kejuruan dengan dua program studi yaitu Program Studi Tata Boga dan Tata Busana. Dengan demikian sejak saat itu FPTK mempunyai 6 Jurusan yaitu:

1. Jurusan Pendidikan Teknik Elektro;
2. Jurusan Pendidikan Teknik Elektronika;
3. Jurusan Pendidikan Teknik Mesin;
4. Jurusan Pendidikan Teknik Otomotip;
5. Jurusan Pendidikan Teknik Bangunan; dan
6. Jurusan Pendidikan Kesejahteraan Keluarga.

Setelah berakhirnya bantuan dari Bank Dunia, FPTK IKIP Yogyakarta masih diberi kesempatan mendapat bantuan dari UD-3 yang berupa bantuan operasional, dimulai dari tahun 1986 sampai 1991.

Tahun 1997 merupakan tonggak perubahan IKIP menjadi universitas yang direalisasikan pada tahun 1999/2000. Momen wider mandate tersebut, menjadi titik awal sejarah FPTK berubah menjadi Fakultas Teknik (FT) yang berkomitmen pada pendidikan teknologi dan kejuruan tetapi mengembangkan disiplin ilmu non kependidikan dalam batas kewenangannya. Pengintegrasian bidang kependidikan dan non kependidikan dalam satu atap fakultas menjadikan bidang-bidang ilmu keguruan yang dikembangkannya menjadi semakin kuat dalam semangat ilmu keguruan yang selalu mengikuti perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang sedang berkembang.

Konversi FPTK menjadi FT membawa dampak cukup signifikan pada jumlah prodi yang diselenggarakan dan dengan demikian meningkatnya jumlah mahasiswa yang belajar di FT. Jumlah prodi yang diselenggarakan FT pada tahun 2012 berjumlah 17 terdiri dari 9 program studi S1 pendidikan dan 8 program studi D3 non kependidikan. Seiring dengan berjalannya waktu dan perkembangan fakultas, sejak tahun 2017 FT UNY menyelenggarakan prodi profesi yakni PPI (program profesi insinyur) dan pada tahun 2019 ini FT UNY membuka 4 prodi baru S1 non kependidikan yakni S1 Teknik Elektro, Teknologi Informasi, Manufaktur dan Teknik Sipil. Dalam perkembangan selanjutnya, delapan prodi D3 non kependidikan mendapatkan mandat untuk dikembangkan menjadi D4 non kependidikan. Dengan demikian, hingga saat ini total prodi yang ada di Fakultas Teknik UNY ada 22 prodi yang terdiri atas 9 prodi S1 pendidikan, 8 prodi D4 non kependidikan, 4 prodi S1 non kependidikan dan 1 prodi pendidikan profesi.

Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 93 Tahun 1999, pasal 1 ayat (2a) tentang Perubahan Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Yogyakarta menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) menjelaskan bahwa UNY memiliki tugas: (1) menyelenggarakan program pendidikan akademik dan/atau pendidikan profesional dalam sejumlah disiplin ilmu pengetahuan, teknologi, dan/atau seni tertentu; dan (2) mengembangkan ilmu pendidikan, ilmu keguruan, serta mendidik tenaga akademik dan profesional dalam bidang pendidikan. Tugas tersebut diperkuat oleh Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 003/O/2001 tentang Statuta UNY, yang kemudian diperbarui dengan Permenristekdikti Nomor 35 Tahun 2017 yaitu menyelenggarakan pendidikan akademik dan dapat menyelenggarakan pendidikan vokasi dalam berbagai rumpun ilmu pengetahuan dan atau teknologi serta jika memenuhi syarat dapat menyelenggarakan pendidikan profesi. Berdasarkan tugas di atas, Fakultas Teknik (FT) sebagai salah satu fakultas di UNY menyelenggarakan 21 program studi secara sinergis menyelenggarakan pendidikan akademik, profesi dan vokasional, serta mengembangkan ilmu pengetahuan, teknologi dan kejuruan. Dengan demikian, tugas utama FT UNY adalah menghasilkan sarjana pendidikan yang professional di bidang Pendidikan Teknologi dan Kejuruan, Sarjana Teknik dan Ahli Madya Teknik yang unggul kreatif dan inovatif berlandaskan taqwa, cendekia dan mandiri yang menjunjung tinggi nilai-nilai Pancasila.

Pada tahun 2007, survey dari Ditjen Dikti RI menyatakan bahwa UNY merupakan satu-satunya Lembaga Pendidikan Tenaga Kependididkan (LPTK) diantara 20 universitas di Indonesia yang layak masuk (the most promosing university) ke kelas dunia. Untuk itu UNY segera membentuk tim Pengembang UNY menuju World Class University (WCU) yang di antaranya bertugas menyiapkan kisi-kisi instrument pengembangan UNY menuju WCU.

Kerja keras tersebut menuai hasil pada tahun 2009, sebanyak 11 unit kerja di UNY dinyatakan layak menerima setifikat ISO 9001:2000 yang dikeluarkan oleh PT. Sucofindo Jakarta. Upacara penyerahan Sertifikat ISO 9001:2000 tersebut dilakukan Mendiknas RI, Prof. Dr. Bambang Sudibyo, MBA. Pada 21 April 2009 melalui menteri Keuangan RI No. 130/KMK.05/2009, UNY telah ditetapkan sebagai instansi pemerintah yang menerapkan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PK-BLU) secara penuh. Pada tahun 2010, UNY menerapkan ISO 9001:2008. Saat ini UNY terus berupaya meningkatkan diri melalui peningkatan kualitas manajemen institusi pendidikan dan dosen, keunggulan dan kepemimpinan, maupun dukungan fasilitas disemua fakultas dan unit-unit bertaraf internasional. Sejak tahun 2007 UNY telah mengembangkan paradigma pembelajaran online terpadu (E-learning UNY) dan berlangganan jurnal elektronik dari proQuest yang memuat tidak kurang dari 700 jurnal internasional di bidang pendidikan. Akses LAN di area kampus melalui nirkabel juga telah tersedia melalui hotspot wifi di 43 titik strategis dengan coverage area mencapai 80% wilayah kampus. Di samping itu, UNY juga tengah membangun networking dengan berbagai universitas dan pusat riset seluruh dunia. 

Prodi S3 Ilmu Teknik resmi diselenggarakan berdasarkan SK BAN PT nomer 840/BAN-PT/LL/2023 bersama dengan 4 Prodi Doktoral lain, 4 Prodi Magister serta 1 Prodi Sarjana. SK BAN PT ini menyambut baik status UNY yang per 20 Oktober 2022, Universitas Negeri Yogyakarta resmi menjadi Perguruan Tinggi Negeri Berbadan Hukum (PTNBH) ke-17. sebagaimana dinyatakan pada Peraturan Pemerintah Nomor 35 Tahun 2022.