Organisasi mahasiswa (Ormawa) di tingkat universitas terdiri dan Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM). Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM), dan Majelis Permusyawaratan Mahasiswa (MPM). Ormawa di tingkat Fakultas adalah Badan Ekesekutif Mahasiswa Fakultas (BEMF) dan Dewan Perwakilan Mahasiswa Fakultas, sedangkan di tingkat jurusan/prodi terdapat Himpunan Mahasiswa (HIMA) Jurusan/prodi. Sementara itu, untuk mewadahi minat, bakat, dan pembinaan prestasi mahasiswa, terdapat Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) di tingkat universitas dan fakultas. BEM KM UNY adalah lembaga eksekutif tertinggi di tingkat universitas yang menjalankan roda pemerintahan mahasiswa.

Pembinaan bidang Ormawa dimaksudkan untuk menyalurkan, mengembangkan dan mengarahkan Ormawa baik di tingkat universitas yakni BEM, MPM, DPM, tingkat fakultas yakni BEMF, dan DPMF, maupun tingkat jurusan yakni Hima Jurusan/Prodi. Pembinaan dilakukan melalui pembimbingan, pendampingan, dan penyediaan dana serta sarana prasarana yang diperlukan. Untuk menyediakan kantor secretariat Ormawa dan UKM tingkat universitas yang terpadu dan representatif, pada saat ini UNY bersyukur telah mempunyai gedung Student an Multicultural Center yang telah diresmikan pemakaiannya oleh Gubernur DIY, Sri Sultan Hamengkubuwono X pada Mei 2008. Dengan demikian diharapkan koordinasi terhadap kegiatan – kegiatan Ormawa dan UKM tingkat universitas akan menjadi lebih baik.

Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) adalah lembaga kemahasiswaan tempat berhimpunnya para mahasiswa yang memiliki kesamaan minat, kegemaran, kreativitas, dan orientasi aktivitas penyaluran kegiatan ekstrakulikuler di dalam kampus. UKM merupakan organisasi kemahasiswaan yang mempunyai tugas merencanakan, melaksanakan, dan mengembangkan kegiatan ekstrakulikuler kemahasiswaan yang bersifat penalaran, minat dan kegemaran, kesejahteraan, dan minat khusus sesuai dengan tugas dan tanggung jawabnya. Kedudukan lembaga ini berada pada wilayah universitas yang secara aktif mengembangkan system pengelolaan organisasi secara mandiri.

UKM UNY dikelompokkan dalam empat bidang, yaitu Bidang Penalaran, Bidang Olah Raga, Bidang Seni, dan Bidang Kesejahteraan/Khusus. Bidang Penalaran berkonsentrasi pada pengembangan cara berpikir yang sistematis, komprehensif, dan tepat. Dengan demikian, penalaran merupakan cara berpikir yang tepat bagi mahasiswa yang mampu mempersiapkan dirinya menjadi manusia penganalisis. Setiap problem, baik dari diri sendiri maupun dari masyarakat, akan dapat dipecahkan bila seorang mahasiswa memiliki kemampuan berpikir analitik. Realisasi pembinaan bidang penalaran di antaranya dengan melakukan penelitian, mengikuti Lomba Inovasi dan Teknologi Mahasiswa (LITM), Lomba Karya Tulis Mahasiswa (LKTM), Program Kreativitas Mahasiswa (PKM), jurnalistik, dan debat bahasa Inggris.

Bidang Olahraga berkonsentrasi pada peningkatan mutu pembinaan minat dan kegemaran mahasiswa dalam bidang olahraga. Tujuannya, agar dapat mengembangkan kemampuan berorganisasi , kepemimpinan, kesehatan jiwa dan kesegaran jasmani, sportivitas, kedisiplinan, dan pencapaian prestasi dalam berbagai cabang olahraga.

Bidang Seni berkonsentrasi pada peningkatan mutu pembinaan dalam dunia seni dan menyalurkan minat dan kegemaran mahasiswa di bidang seni, memotivasi aspirasi, kreativitas, dan kecintaan terhadap seni budaya bangsa dan berbagai budaya bangsa lain.

Bidang Kesejahteraan/Khusus berkonsentrasi pada peningkatan mutu permbinaan kesejahteraan mahasiswa yang meliputi dua kegiatan (a) pembinaan kesejahteraan mahasiswa melalui layanan beasiswa, layanan pemeriksaan kesehatan, asuransi, bursa kerja khusus, kerohanian, bimbingan dan konseling, dan koperasi dan (b) pembinaan kewirausahaan. Sementara itu, kegiatan khusus mahasiswa bertujuan untuk menumbuhkembangkan kesadaran berbangsa dan bernegara serta kecintaan terhadap tanah air dan sesama.

 Masing – masing bidang kegiatan tersebut adalah sebagai berikut:

Bidang Penalaran

• UKM Penelitian
• UKM Lembaga Pers Mahasiswa “EKSPRESI”
• UKM Radio “Magenta FM”
• UKM Bahasa Asing
• UKM Rekayasa Teknologi “RESTEK”

Bidang Seni

• UKM Musik “SICMA BAND”
• UKM Unit Studi Sastra dan Teater (UNSTRAT)
• UKM Keluarga Mahasiswa Seni Tradisi (KAMASETRA)
• UKM Vokal/Paduan Suara Mahasiswa “Suara Wardhana”
• UKM Seni Rupa dan Fotografi

Bidang Olahraga

• UKM Atletik
• UKM Bola Voli
• UKM Catur
• UKM Hockey
• UKM Judo
• UKM Karate
• UKM Pecinta Alam “MADAWIRNA”
• UKM Panahan
• UKM Pencak Silat
• UKM Renang
• UKM Sepak Bola
• UKM Softball & BaseBall
• UKM Tenis Lapangan
• UKM Tenis Meja
• UKM Tae Kwon Do
• UKM Marching Band “CDB”
• UKM Bola Basket
• UKM Bulu Tangkis
• UKM Sepak Takraw

 Bidang Kesejahteraan

• UKM Koperasi Mahasiswa “Kopma UNY”
• UKM Unit Kegiatan Kerohanian Islam “UKKI”
• UKM Ikatan Keluarga Mahasiswa Katholik “IKMK”
• UKM Persekutuan Mahasiswa Kristen “PMK”
• UKM Keluarga Mahasiswa Hindu Dharma “KMHD”
• UKM Kewirausahaan "KWU"

Bidang Khusus

• UKM Pramuka Racana W.R. Supratman dan Racan Fatmawati
• UKM Resimen Mahasiswa “PASOPATI”
• UKM Korps Suka Rela PM “KSR-PMI”
• UKM Kewirausahaan